舰队编组的核心在于合理分配指挥值与舰船定位。每支舰队最多拥有300指挥值（升级至九级基地后可提升至400），舰船位置分为前排、中排和后排，系统会根据舰船蓝图中的定位自动分配站位。敌方会优先攻击前排舰船，因此前排需配置高护甲或能抗能打的舰船，如奇美拉巡洋舰或ST59。中后排则应侧重火力输出，例如卡利斯托或搭载高攻载机的母舰。舰队命名不仅便于管理，还能在PVP中起到战术迷惑作用。需舰船移动速度由舰队中最慢的舰船决定，高速舰队更适合包夹或突袭任务。
舰船选择需综合考虑功能克制与战场适应性。游戏中的舰船分为护卫艇、驱逐舰、巡洋舰、战巡、航母等类型，每种类型又有装甲型、侦察型、多功能型等子型号。能量武器如斗牛级能无视护甲造成真实伤害，适合突破敌方防御阵型；防空型舰船则需根据敌方舰载机数量动态调整。大型舰船如太阳鲸虽火力强劲，但建造耗时且指挥值消耗高，需搭配护卫舰保护。小型舰船如FG300装甲型成本低且易量产，是前期过渡的优选。没有绝对的最强舰船，只有根据战场环境和战术需求的最优搭配。
主力接战队应以抗伤和输出均衡为核心，通常由8艘奇美拉（160指挥值）和8艘卡利斯托（160指挥值）构成基础框架，剩余80指挥值可补充防空或高输出舰船。输出舰队则应最大化火力并利用接战规则规避伤害，例如搭配艾奥级、红宝石和刺水母。高速拆家队需优先选择诺玛M470等攻城舰船，配合高移速护卫舰快速拆除敌方设施。特殊区域如小行星稀疏区仅允许驱护舰进入，高能辐射区则限制为巡洋舰及以上舰船，编组时需提前规划地形限制。
后期优化需关注技术点分配与动态调整。每艘舰船的蓝图有5-7个可改装系统，技术点有限时应优先强化核心属性：输出舰船侧重冷却、暴击和命中；防御型舰船优先护甲与能量抗性；奶船则需提升维修效率与锁定速度。战斗中可通过增援指令临时补充ST59或大帝级战巡，但需注意增援舰船的移速可能拖累整体行动。维修船在中后期效果有限，仅建议在对抗NPC或低级城防时使用。实时分析战报数据，针对敌方阵容调整舰船组合与武器克制关系，是持续提升舰队战力的关键。
