舰船系统是游戏策略的核心组成部分，玩家可通过多种舰船类型构建舰队以适应不同战斗场景。舰船主要分为资源采集向和战斗向两大类，其中战斗向舰船又可细分为护卫舰、驱逐舰、巡洋舰、战列巡洋舰、航空母舰等类型，每种舰船根据功能定位差异拥有独特的火力、装甲、机动性等属性。资源采集向舰船则包括大中小型工程船，优先选择大型工程船可显著提升资源采集效率。
战斗向舰船中，护卫舰作为基础作战单位，具备成本低、建造快的特点，适合前期过渡和战术掩护，例如FG300装甲型能有效承担前排抗伤职责。驱逐舰在火力和吨位上远超护卫舰，如阋神星系列可担任中期主力输出。巡洋舰则是综合性最强的舰种，兼具火力与生存能力，CAS066级通用巡洋舰凭借均衡属性成为平民玩家的首选。更高阶的战列巡洋舰和航空母舰需要后期基地等级解锁，虽然建造周期长但能提供战略级作战能力。
舰船选择需结合战场环境与战术需求。小行星稀疏区仅允许护卫舰、驱逐舰等小型舰船进入，而高能辐射区则限制为巡洋舰及以上大型舰船活动。针对敌方舰队构成，可针对性配置能量武器舰船突破装甲，或使用防空特化舰船应对舰载机群。每艘舰船的武器战斗序列决定了其攻击优先级，合理搭配前后排舰船才能形成有效攻防体系。
舰船个性化改装系统为策略深度提供了更多可能。每艘舰船拥有5-7个可改造的配件系统，通过调整武器、动力、装甲等模块可改变舰船定位。例如将巡洋舰主武器强化为鱼雷系统可专注对抗大型目标，而增加闪避率则能提升前排生存能力。改装需平衡资源消耗与实际效益，过度强化单一属性可能导致战术短板。
实战中不存在绝对最优的舰船配置，需根据星系环境、敌对势力、资源储备等因素动态调整。初期以低成本护卫舰和驱逐舰维持基础战力，中期逐步替换为巡洋舰和特种舰船，后期则需组建包含战巡与航母的综合舰队。同时需注意舰船维护成本与指挥值限制，避免因过度追求高阶舰船导致资源链断裂。持续观察战场反馈并优化舰船组合，是长期发展的关键策略。
