宝可梦中心是玩家冒险过程中至关重要的设施，几乎每座主要城市都设有独立的宝可梦中心。这些中心具有统一的红色屋顶外观设计，内部配备治疗设备和交流区域，为训练师提供宝可梦恢复、异常状态解除等基础服务。
真新镇作为游戏起点，这里的宝可梦中心具有特殊意义。玩家首次获得初始宝可梦后便会接触到此设施，它紧邻大木博士研究所，是初期重要的补给站点。常磐市的宝可梦中心位于城市北部，商店附近，玩家在此领取大木博士的包裹任务时需要先在此恢复体力。尼比市的中心坐落在道馆右侧，挑战岩石系道馆前建议优先使用该设施。
华蓝市的宝可梦中心位于城市入口处，其设计与其他中心保持统一风格但规模较大。枯叶市的中心则靠近港口区域，在获得船票后这里成为登船前的重要准备场所。彩虹市作为关东地区最大都市，其宝可梦中心功能最为齐全，除基础治疗外还提供道具商店和训练师交流区域。
紫苑镇的宝可梦中心毗邻宝可梦塔，在挑战幽灵系宝可梦前必须充分利用该设施。浅红市的中心位于狩猎区入口附近，为捕捉珍稀宝可梦提供后勤支持。最终在挑战联盟前的最后补给点——石英高原的宝可梦中心，其治疗服务对准备最终对决的训练师至关重要。
游戏中的宝可梦中心分布遵循剧情推进路线，从真新镇出发按顺时针方向环绕关东地区布局。除固定位置的常设中心外，某些特殊地点如月见山出口、岩山隧道等区域也设有临时恢复点。所有中心均采用标准化服务流程，训练师可随时通过地图确认最近的中心位置。
部分中心在特定剧情阶段会暂时关闭或改变功能，如遭遇火箭队袭击时。游戏后期获得冲浪技能后，还可抵达岛屿地区的特殊宝可梦中心，这些设施在服务内容上与大陆中心保持一致，但建筑风格会根据岛屿特色有所调整。
