获得初始三只精灵（妙蛙种子、小火龙、杰尼龟）需要遵循特定流程。游戏开始时，玩家需从真新镇出发，前往上方草地触发大木博士的剧情。博士会引导玩家进入研究所，在电脑旁的桌子上选择三只精灵之一作为初始伙伴。选择后，对手小茂会自动选择属性克制的精灵并与玩家进行首次对战。击败小茂后，玩家可正式获得第一只精灵并开启图鉴功能。
获得第二只精灵需要通过剧情推进或特殊地点捕捉。在华蓝市左侧的草地可遇到小火龙，但出现概率较低；真新镇上方的草地也有机会遇到杰尼龟。这两种精灵的捕捉需要准备足够的精灵球，建议将其血量削弱至红色区域再尝试捕捉。月见山洞窟深处可获取化石，选择左侧化石可复活化石盔，右侧化石则复活菊石兽，这两种精灵虽非初始三只，但可作为替代选择。
第三只精灵的获取方式较为复杂，需完成特定任务。在枯叶市的圣安努号游轮事件中，帮助船长按摩背部可获得居合斩技能机。使用该技能砍断彩虹市道路上的树木后，可进入隐藏区域寻找稀有精灵。通过与游戏中的NPC交换也能获得初始精灵，例如用烈雀在特定地点交换大葱鸭，但这种方法存在随机性。
后期在七岛剧情中，完成特定条件后可解锁丰缘地区的御三家精灵。这需要先通关主线剧情并击败四天王，随后在1号岛的灯火山触发火箭队任务。解决事件后前往4号岛取得红宝石，再通过通信功能与宝石版本联机传输精灵。该过程涉及多个隐藏地点和道具收集，建议提前存档避免任务中断。
精灵培养方面需注意属性相克与技能搭配。初始三只精灵的最终进化形态（妙蛙花、喷火龙、水箭龟）均拥有680种族值，属于版本强势精灵。建议在月见山、岩山隧道等区域反复练级，利用战斗探测器在一号岛灯火山温泉附近刷经验效率较高。精灵达到16级和36级时会分别进化为二阶和三阶形态。
