协议选择是决定玩家发展路线和资源获取效率的核心因素。特洛伊晶体开采协议和节点恢复协议是最主要的两种选择，前者侧重于资源采集与交易，后者则偏向于战略布局与区域控制。特洛伊晶体作为通用等价物，可通过开采兑换舰船等关键物资，适合偏好经济运营的玩家；而节点恢复协议更注重同盟协作与星门建设，适合倾向于团队作战的玩家。两种协议均会保留第一赛季的蓝图、科技点等技术储备，但洗点水等道具的使用限制需提前规划。
对于个人协议，勘探者协议、中立者协议和个人评定协议是常见选项。勘探者协议通过勘探星球、拉格朗日节点获取积分，操作门槛较低且对基地位置要求宽松，适合新手或休闲玩家。中立者协议需与私掠者基地互动并派遣支援舰船，积分获取难度较高但能解锁特殊功能，适合舰队储备充足的玩家。个人评定协议以战斗任务为主，奖励较少且依赖同盟活动，通常不作为优先选择。需注意，勘探者协议在第二赛季初期可能面临资源竞争，需合理分配工程舰以提高效率。
定向研究协议是第二赛季的另一个关键机制，玩家可通过25技术储备定向抽取特定类型舰船蓝图。研究协议分为三个阶段，建议完成全部阶段再绘制蓝图以最大化收益。路线选择上，火力出众分支适合补充主力舰，战机和护航艇分支则能强化空中战力。需注意研究协议可能重复获得已有子型号的技术值，而技术储备箱子则能优先解锁未拥有的蓝图，两者需根据自身蓝图库情况权衡。
协议选择需结合个人发展目标与同盟战略。资源型玩家可优先特洛伊晶体协议与勘探者协议，快速积累物资；战斗型玩家则更适合节点恢复协议与中立者协议，强化舰队协同。无论选择何种协议，合理规划技术储备与工程舰调度是第二赛季平稳过渡的基础。
