三国志战略版允许并围绕三名武将组成一支队伍进行搭配，这是游戏核心的战斗编队规则。玩家在创建部队时，可以从拥有的武将库中挑选至多三名武将共同出战，他们分别担任主将和副将的角色，共同构成一个完整的作战单元。这一基础设定为游戏丰富的策略搭配提供了载体，玩家需要根据武将的特性、属性和彼此间的配合来组建队伍，而非仅仅依赖单个强力武将。
搭配三名武将的核心逻辑在于实现战法、属性与兵种间的协同效应，以发挥超越个体简单叠加的整体战斗力。每名武将都拥有自带战法和可学习的传承战法，战法可大致划分为输出、治疗、控制和辅助等类型，成功的搭配需要让这些战法效果相互衔接或增强。某些武将的战法可以为队友创造输出条件，或通过施加特定状态来触发另一名武将的强力效果，形成连贯的战术链。三名武将的兵种适性需要被统筹考虑，尽可能选择适性高的兵种以获得属性加成，并利用骑兵、盾兵、弓兵、枪兵之间的相互克制关系来针对对手。
自由搭配三名武将并非毫无限制，最主要的约束来自于统御值系统。每名武将都有其固定的统御值消耗，而玩家队伍的统御值上限会君王殿等级提升而逐步增加。在游戏初期，玩家的统御值上限较低，可能无法同时容纳三名高统御值的强力橙将，这就需要玩家做出权衡，可能会选择先使用一名高统御值武将来搭配两名低统御值的紫将或蓝将进行过渡。如何在不突破统御值上限的前提下，组合出战斗力最强的三人小队，是配将策略中的重要一环。
一个完整的三名武将队伍构筑，还需要深入考量武将的进阶、属性加点和阵营缘分等因素。玩家可以通过消耗相同的武将卡牌对主力进行进阶，以获取额外的属性点自由分配，从而精细化调整武将的武力、智力、统率或速度。合理的属性加点能优化武将的出手顺序或强化其核心能力。如果上场的三名武将来自同一阵营，如均为蜀国或魏国武将，则会获得额外的属性加成；某些特定的武将组合还能激活额外的缘分效果，为全队提供诸如提升武力、统率或获得特殊状态等增益，这些都是在搭配时需要纳入考虑的优势条件。
